FlexiBee REST API je otevřené programátorské rozhraní, které umožňuje online přistupovat k datům ekonomického systému FlexiBee. Data je možné číst a modifikovat a je také možné je exportovat do různých formátů jako je PDF, ISDOC či iCalendar (přehled podporovaných formátů).
Základem REST API je protokol HTTP a XML (také jako JSON). Je možné pokládat filtrované dotazy.
Snahou je co nejvíce zjednoduššit přístup pro vývojáře a tak je na mnoho místech normální běh aplikace spojen s vysvětlujícími komentáři. Proto je součástí XML exportů u prvního záznamu vždy dokumentace, proto je možné získat přehled položek u každé evidence včetně další dokumentace jako je typ či omezení délky.