Základem komunikace se systémem FlexiBee je formát XML. Čímž můžete číst veškerá data, která FlexiBee nabízí.
V tuto chvíli poskytuje FlexiBee nativní FlexiBee XML, jeho variantu ve formátu JSON a také standardní XML pro faktury ISDOC.
FlexiBee XML lze použít pro import a export dat, ale také pro inkrementální aktualizaci, kdy XML soubor obsahuje jen změněné položky. Tento způsob je pak používán jako základ pro technologii FlexiBee Sync. Pro identifikaci záznamů a vazeb lze použít mnoho způsobů od vnitřního ID ve FlexiBee, UUID, EAN, PLU až po vlastní identifikátory (viz Identifikátory záznamů).
Protože je potřeba vytvořit vazbu mezi externími systémy a Flexibee, lze použít princip externích identifikátorů. Když strojově zakládáte záznam do FlexiBee, můžete přiřadit identifikátor ve formátu ext:SHOP:123, kde SHOP je identifikátor externího systému a 123 je identifikátor v tomto systémů. Identifikátorů můžete mít u jednoho záznamu více a zjednoduššíte si tím komunikaci se systémem.
Velikosti písmen v názvech tagů a atributů jsou ignorovány a tak je možné používat libovolnou kombinaci.