Migraci dat do ekonomického systému FlexiBee lze rozdělit na několik úrovní dle rozsahu migrovaných dat.
- migrace číselníků – migrovány jsou jen číselníky jako je adresář, ceník a stavy skladů. Někdy je také migrováno saldo (neuhrazené doklady), ale pouze neúčetně.
- migrace dokladů bez účetního dopadu – kromě číselníků jsou převedeny i všechny doklady jako jsou faktury a interní doklady.
Zaúčtování nejsou migrována a tak nejsou účetní výstupy. Úhrady a zápočty obvykle nejsou migrovány. Převod dat slouží pouze k přehledům jako je obrat zákazníka za několik let. - migrace všech dokladů, migrace účetního deníku – migrace probíhá jako v předchozím případě, ale navíc je migrován účetní deník do interních dokladů. Sedí pak rozvaha a výsledovka, ale při změně staré faktury nedojde k aktualizaci účetnictví. Není také podporováno přiznání DPH za migrované období. Migrace se tak obvykle provádí dle termínu plátcovství DPH.